Doanh nghiệp tự sản xuất sản phẩm phần mềm thuộc nhóm ngành được Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp khuyến khích, nên có thể được hưởng thuế suất ưu đãi (mức 10% là mức hay được nhắc tới) và miễn, giảm thuế trong một số năm. Nhưng ưu đãi chỉ tính cho phần thu nhập từ hoạt động sản xuất phần mềm, và chỉ khi doanh nghiệp chứng minh được mình thật sự làm ra phần mềm theo quy trình, chứ không phải bán lại hay chỉ cài đặt phần mềm của người khác.
Thuế suất cụ thể, số năm miễn giảm và điều kiện chi tiết phải tra theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 67/2025/QH15 cùng nghị định hướng dẫn đang hiệu lực. Bài này không thay được văn bản đó; nó giúp bạn trả lời trước câu hỏi quan trọng hơn: công ty mình có đứng được trong diện này khi bị kiểm tra không.
Bạn có thuộc diện không — sàng lọc nhanh
Trả lời lần lượt, mỗi câu chỉ “có” hoặc “không”. Chỉ cần một câu “không” ở nhóm đầu là nên dừng lại hỏi người có chuyên môn trước khi tự áp ưu đãi.
- Công ty có sản phẩm phần mềm do chính mình làm ra (tự phân tích, thiết kế, viết mã) không, hay chủ yếu mua bản quyền về bán lại?
- Có tài liệu cho ít nhất các công đoạn đầu của quy trình làm phần mềm — xác định yêu cầu, phân tích và thiết kế — cho từng sản phẩm không?
- Doanh thu từ phần mềm tự làm có tách được khỏi doanh thu bán thiết bị, cho thuê máy chủ, tư vấn, đào tạo không?
- Chi phí (lương đội kỹ thuật, máy móc, thuê văn phòng) có tiêu thức phân bổ rõ giữa hoạt động phần mềm và hoạt động khác không?
- Công ty đã xác định được năm bắt đầu tính ưu đãi và năm bắt đầu miễn, giảm theo đúng quy định chưa?
- Có đang hưởng một ưu đãi khác cùng lúc (doanh nghiệp nhỏ mới thành lập, địa bàn) mà chưa rõ có được cộng dồn hay phải chọn một không?
Câu 1 đến 4 là điều kiện phải thoả cùng lúc. Có sản phẩm thật mà không có tài liệu thì không chứng minh được; có tài liệu mà không tách được doanh thu thì phần ưu đãi sẽ bị tính lại theo cách bất lợi.
Sản xuất phần mềm khác dịch vụ và thương mại phần mềm ở đâu
Nhiều công ty công nghệ làm cùng lúc ba loại việc. Chỉ loại đầu tiên nằm trong diện ưu đãi dành cho sản xuất phần mềm.
| Hoạt động | Ví dụ | Thường được xem là |
|---|---|---|
| Sản xuất sản phẩm phần mềm | Tự làm ứng dụng quản lý bán hàng rồi bán bản quyền, cho thuê theo tháng; viết phần mềm theo đơn đặt hàng của khách | Hoạt động có thể được ưu đãi nếu đáp ứng quy trình |
| Dịch vụ phần mềm | Bảo trì, tư vấn triển khai, đào tạo sử dụng, nhập dữ liệu | Phải xem kỹ: phần gắn với sản phẩm tự làm khác phần làm cho phần mềm của hãng khác |
| Thương mại phần mềm, thiết bị | Mua giấy phép phần mềm nước ngoài rồi bán lại, bán máy chủ kèm cài đặt | Không phải sản xuất phần mềm, không hưởng ưu đãi của ngành này |
Chỗ hay nhầm nhất là hợp đồng “trọn gói”: một hợp đồng vừa bán máy, vừa cài phần mềm của hãng khác, vừa viết thêm vài mô-đun riêng. Nếu hoá đơn và hợp đồng không tách giá trị từng phần, toàn bộ doanh thu dễ bị coi là thương mại. Khi đàm phán, nên tách phụ lục giá ngay từ đầu.
Quy trình sản xuất phải để lại dấu vết
Quy định về xác định hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm dựa trên một quy trình gồm nhiều công đoạn: xác định yêu cầu; phân tích và thiết kế; lập trình, viết mã; kiểm tra, thử nghiệm; hoàn thiện, đóng gói; cài đặt, chuyển giao, bảo hành, bảo trì; phát hành, phân phối. Điều kiện tối thiểu thường được hiểu là doanh nghiệp phải thực hiện được các công đoạn đầu, và có tài liệu cho những công đoạn mình đã làm.
Văn bản gốc về quy trình này do bộ quản lý ngành công nghệ thông tin ban hành trước đây; sau đợt sắp xếp bộ máy năm 2025, nên kiểm tra văn bản đang thay thế hoặc còn áp dụng trước khi lập hồ sơ.
Trong thực tế, đội kỹ thuật thường có đủ tài liệu nhưng nằm rải rác: yêu cầu trong tin nhắn với khách, thiết kế trong công cụ vẽ, mã nguồn trong kho lưu trữ, biên bản nghiệm thu trong thư điện tử. Việc cần làm là gom theo từng sản phẩm, theo từng phiên bản lớn, để khi bị hỏi có thể mở ra một thư mục là thấy đủ chuỗi từ yêu cầu tới bàn giao.
Doanh nghiệp tự xác định, tự chịu trách nhiệm và thông báo thông tin theo quy định cho cơ quan quản lý ngành. Không có bước “xin phép” trước, nhưng cũng chính vì vậy mà gánh chứng minh nằm trọn ở phía doanh nghiệp.
Thu nhập nào không được ưu đãi dù công ty đủ điều kiện
Ưu đãi gắn với hoạt động, không gắn với cả doanh nghiệp. Ngay cả khi công ty đủ điều kiện sản xuất phần mềm, các khoản sau thường phải tính thuế theo thuế suất phổ thông 20% (hoặc 15%, 17% nếu công ty thuộc diện doanh thu nhỏ theo Luật 67/2025/QH15):
- Thu nhập từ bán thiết bị, linh kiện, máy chủ.
- Thu nhập từ phân phối lại phần mềm của đơn vị khác.
- Các khoản thu nhập khác như lãi tiền gửi, chênh lệch tỷ giá, thanh lý tài sản, tiền phạt vi phạm hợp đồng thu được.
- Thu nhập từ cho thuê văn phòng, cho thuê chỗ đặt máy khi không gắn với sản phẩm tự làm.
Vì thế sổ kế toán phải hạch toán riêng doanh thu, chi phí và thu nhập của hoạt động được ưu đãi. Không tách được thì cơ quan thuế thường phân bổ theo tỷ lệ doanh thu — cách tính này hay đẩy lợi nhuận sang phần chịu thuế thường, nhất là khi phần thương mại có biên lợi nhuận thấp còn phần phần mềm có biên cao.
Rủi ro khi tự áp dụng sai
Ưu đãi thuế do doanh nghiệp tự xác định và tự khai trong hồ sơ quyết toán. Không ai duyệt trước, nên sai sót chỉ lộ ra khi có kiểm tra, thanh tra — thường là vài năm sau. Lúc đó hậu quả cộng dồn:
- Truy thu toàn bộ phần thuế đã miễn, giảm sai của mọi năm bị kiểm tra.
- Tiền chậm nộp tính theo ngày trên số thuế truy thu, kể từ hạn nộp của từng năm (mức 0,03%/ngày theo quy định lâu nay; kiểm tra mức hiện hành).
- Phạt hành chính về khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp, theo nghị định xử phạt đang hiệu lực.
Ví dụ giả định: công ty tự áp thuế suất ưu đãi cho toàn bộ thu nhập ba năm liền, trong đó một nửa là doanh thu bán lại giấy phép phần mềm nước ngoài. Khi bị kiểm tra, phần thu nhập đó bị tính lại theo thuế suất thường cho cả ba năm, cộng tiền chậm nộp kéo dài nhiều năm. Số phải nộp một lần có thể lớn hơn lợi nhuận của cả năm kiểm tra.
Rủi ro ngược chiều cũng có thật: công ty đủ điều kiện nhưng không biết, nộp theo thuế suất phổ thông suốt nhiều năm. Phần nộp thừa có thể khai bổ sung để điều chỉnh trong thời hạn cho phép, nhưng càng để lâu càng khó dựng lại hồ sơ chứng minh.
Hồ sơ phải giữ để chứng minh
Lập một bộ cho từng sản phẩm phần mềm, cập nhật mỗi khi có phiên bản lớn:
| Nhóm | Tài liệu | Ai giữ |
|---|---|---|
| Yêu cầu | Tài liệu mô tả yêu cầu, biên bản làm việc với khách hoặc bộ phận kinh doanh | Quản lý sản phẩm |
| Thiết kế | Tài liệu phân tích, thiết kế hệ thống, thiết kế cơ sở dữ liệu | Trưởng nhóm kỹ thuật |
| Lập trình, kiểm thử | Lịch sử kho mã nguồn, kế hoạch và biên bản kiểm thử | Nhóm kỹ thuật |
| Bàn giao | Biên bản nghiệm thu, bàn giao, tài liệu hướng dẫn sử dụng | Quản lý dự án |
| Kế toán | Hợp đồng tách giá từng phần, hoá đơn, sổ chi tiết doanh thu và chi phí theo hoạt động, bảng phân bổ chi phí chung | Kế toán |
| Pháp lý | Thông tin đã gửi cơ quan quản lý ngành, quyết định giao nhiệm vụ cho đội phát triển | Hành chính |
Chứng từ kế toán dùng để ghi sổ phải lưu ít nhất 10 năm theo Luật Kế toán. Hồ sơ kỹ thuật chứng minh ưu đãi nên giữ ít nhất cùng thời hạn, vì câu hỏi về năm đầu tiên hưởng ưu đãi có thể được đặt ra rất lâu sau đó.
Tự kiểm tra ở đâu trước khi quyết toán
- Tài khoản thuế điện tử của doanh nghiệp: xem lại các tờ khai quyết toán đã nộp, phụ lục ưu đãi đã khai những năm trước có nhất quán không.
- Cổng hoá đơn điện tử: lọc hoá đơn đầu ra theo tên hàng hoá, dịch vụ để thấy tỷ trọng thật giữa phần mềm tự làm và hàng thương mại.
- Trang tra cứu thông tin người nộp thuế: kiểm tra ngành nghề và thông tin đăng ký đang ghi nhận có khớp với hoạt động thực tế không.
- Cơ quan thuế quản lý: khi chưa chắc một loại doanh thu có thuộc diện ưu đãi không, gửi văn bản hỏi và lưu văn bản trả lời vào hồ sơ.
Câu hỏi thường gặp
Công ty đăng ký ngành lập trình máy vi tính có mặc nhiên được ưu đãi không?
Không. Mã ngành đăng ký chỉ cho biết doanh nghiệp được phép làm gì. Ưu đãi xét theo hoạt động thực tế tạo ra thu nhập và hồ sơ chứng minh quy trình sản xuất phần mềm.
Viết phần mềm theo đơn đặt hàng cho một khách duy nhất có được tính là sản xuất phần mềm?
Có thể, nếu doanh nghiệp thực hiện các công đoạn làm phần mềm và có tài liệu. Điểm cần giữ là tài liệu yêu cầu, thiết kế và biên bản nghiệm thu với khách, vì đây là loại hợp đồng dễ bị hỏi là dịch vụ hay sản xuất.
Cho thuê phần mềm theo tháng có khác bán bản quyền không?
Với câu hỏi ưu đãi, điều quyết định là phần mềm đó có do doanh nghiệp tự làm ra không, chứ không phải hình thức thu tiền. Tuy vậy, nếu gói thuê kèm máy chủ hay dịch vụ khác thì nên tách giá trong hợp đồng và hoá đơn.
Có cần xin xác nhận trước rồi mới được hưởng ưu đãi?
Doanh nghiệp tự xác định và tự khai ưu đãi, không có bước cấp phép trước cho riêng ưu đãi thuế. Đổi lại, doanh nghiệp phải tự lưu đủ hồ sơ và chịu trách nhiệm nếu bị kiểm tra phát hiện không đủ điều kiện.
Đang được miễn thuế theo diện doanh nghiệp nhỏ mới thành lập, có hưởng thêm ưu đãi phần mềm cùng lúc được không?
Nguyên tắc chung là khi một khoản thu nhập cùng lúc thuộc nhiều diện ưu đãi thì doanh nghiệp chọn một diện có lợi nhất, không cộng dồn. Cách chọn và thời điểm chọn cần tra theo luật và hướng dẫn hiện hành, nên hỏi cơ quan thuế trước khi khai.
Phát hiện đã tự áp ưu đãi sai cho năm trước thì làm gì?
Nên chủ động khai bổ sung cho năm đó và nộp phần thuế còn thiếu cùng tiền chậm nộp. Tự phát hiện và điều chỉnh trước khi có quyết định kiểm tra thường nhẹ hơn nhiều so với bị phát hiện.
