Không phải công ty nào cầm giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp mới cũng được coi là thành lập mới để hưởng miễn thuế thu nhập doanh nghiệp ba năm theo Nghị quyết 198/2025/QH15. Pháp nhân hình thành từ chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình là nhóm mà luật thuế lâu nay thường loại trừ khỏi ưu đãi dành cho doanh nghiệp mới. Còn công ty mua lại có sẵn thì thời gian miễn tính từ ngày cấp giấy chứng nhận lần đầu của chính công ty đó — phần đã trôi qua không quay lại.
Danh sách loại trừ chính xác cho Nghị quyết 198 nằm ở văn bản hướng dẫn đang hiệu lực. Bài này không thay văn bản đó; nó giúp chủ doanh nghiệp nhận ra mình đang ở tình huống nào, cần tra câu nào và cần giữ giấy gì — trước khi kế toán điền con số “miễn” vào tờ khai quyết toán.
Mốc duy nhất cần nhìn: ngày cấp giấy chứng nhận lần đầu
Nghị quyết 198/2025/QH15 gắn thời gian miễn với việc doanh nghiệp được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Trên giấy chứng nhận có hai loại ngày dễ bị lẫn:
- Đăng ký lần đầu: ngày pháp nhân ra đời. Đây là mốc liên quan đến miễn thuế.
- Đăng ký thay đổi lần thứ…: ngày cập nhật tên, địa chỉ, vốn, người đại diện, ngành nghề. Mốc này không làm doanh nghiệp thành doanh nghiệp mới.
Người mới nhận bàn giao sổ sách hay nhìn vào ngày trên trang đầu của bản giấy chứng nhận mới nhất — thường là ngày thay đổi gần nhất — rồi tính ba năm từ đó. Hãy đọc đúng dòng “đăng ký lần đầu”, đối chiếu với ngày cấp mã số thuế trên trang tra cứu thông tin người nộp thuế, và ghi mốc này vào một trang riêng trong hồ sơ quyết toán.
Bạn có thuộc diện không — sàng lọc nhanh
- Doanh nghiệp có đáp ứng tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa theo quy định hiện hành ở từng năm xét miễn không?
- Pháp nhân này có hình thành từ việc chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình của một doanh nghiệp khác không?
- Pháp nhân có được lập ra để tiếp nhận tài sản, hợp đồng, khách hàng, nhân sự của một doanh nghiệp hoặc chi nhánh đang hoạt động không?
- Doanh nghiệp có phải là công ty đã có sẵn từ trước, chỉ đổi chủ, đổi tên, đổi ngành không?
- Chủ sở hữu hoặc người đại diện có vừa giải thể, tạm ngừng một doanh nghiệp làm cùng ngành, cùng địa chỉ không?
- Ngày cấp giấy chứng nhận lần đầu có nằm trong phạm vi thời gian mà nghị quyết và hướng dẫn cho phép áp dụng không?
Câu 1 và 6 phải là “có”. Câu 2 đến 5 phải là “không”. Chỉ cần một câu ở nhóm giữa là “có” hoặc “chưa chắc”, nên tra văn bản hướng dẫn và hỏi cơ quan thuế quản lý bằng văn bản trước khi khai miễn.
Năm tình huống dễ tưởng là thành lập mới
| Tình huống | Vì sao dễ nhầm | Câu phải tra |
|---|---|---|
| Công ty tách ra từ công ty cũ, nhận một phần tài sản và hợp đồng | Có mã số thuế mới, giấy chứng nhận lần đầu mới | Hướng dẫn có loại trừ doanh nghiệp hình thành do tách không |
| Công ty hợp nhất từ hai công ty nhỏ | Pháp nhân mới, tên mới | Doanh nghiệp hợp nhất có được coi là thành lập mới không |
| Chuyển từ công ty TNHH sang công ty cổ phần | Giấy chứng nhận in lại với loại hình mới | Chuyển đổi loại hình có làm phát sinh “lần đầu” mới không, hay kế thừa pháp nhân cũ |
| Chi nhánh được nâng lên thành công ty độc lập | Được cấp mã số thuế doanh nghiệp mới | Việc tổ chức lại từ đơn vị phụ thuộc có bị coi là tách không |
| Hộ kinh doanh chuyển lên doanh nghiệp | Doanh nghiệp được cấp giấy chứng nhận lần đầu | Hướng dẫn nghị quyết xử lý hộ chuyển đổi như thế nào |
Cột thứ ba là việc của người làm thuế: đọc đúng điều khoản trong nghị định, thông tư hướng dẫn đang hiệu lực. Trong luật thuế, nguyên tắc chung là ưu đãi cho “doanh nghiệp mới” nhằm khuyến khích thêm năng lực kinh doanh mới, không phải khuyến khích sắp xếp lại pháp nhân của hoạt động đã có. Nếu tình huống của mình giống sắp xếp lại hơn là khởi sự, hãy chuẩn bị tinh thần cho câu trả lời “không”.
Mua lại công ty có sẵn: thời gian miễn đã trôi
Mua một công ty đã thành lập vài năm — đôi khi gọi là “công ty có sẵn” — là cách nhiều người dùng để có ngay pháp nhân với tuổi đời, ngành nghề, lịch sử khai thuế. Về miễn thuế ba năm, cần hiểu rõ:
- Pháp nhân không đổi, ngày cấp giấy chứng nhận lần đầu không đổi. Nếu ba năm tính từ mốc đó đã hết, người mua không có gì để hưởng.
- Nếu còn một phần thời gian, phần còn lại (nếu công ty vẫn đủ điều kiện) thuộc về công ty, không phụ thuộc chủ mới.
- Mọi nghĩa vụ thuế cũ của công ty — tờ khai chưa nộp, nợ, hoá đơn sai — đi theo công ty sang tay chủ mới.
Trước khi mua, đăng nhập tài khoản thuế điện tử của công ty cùng người bán, xem danh sách tờ khai, thông báo và số còn phải nộp. Đừng dựa vào ảnh chụp màn hình người bán gửi.
Tách mảng kinh doanh thành công ty riêng: câu hỏi sẽ được đặt ra
Một công ty đang lớn muốn tách mảng mới (ví dụ giả định: một xưởng in tách mảng bao bì thương mại điện tử) thành công ty riêng để dễ gọi vốn. Nếu công ty mới được lập bằng thủ tục thành lập thông thường, không phải thủ tục tách doanh nghiệp, thì về hình thức đây là thành lập mới. Nhưng cơ quan thuế có thể hỏi:
- Công ty mới có nhận lại khách hàng, hợp đồng, nhân sự, máy móc của công ty cũ không?
- Doanh thu của công ty cũ ở mảng đó có giảm tương ứng khi công ty mới bắt đầu bán không?
- Hai công ty có cùng chủ, cùng địa chỉ, cùng kế toán không?
Không phải cứ cùng chủ là mất miễn thuế. Nhưng nếu câu trả lời cho cả ba ý đều là “có”, doanh nghiệp nên có văn bản giải trình về hoạt động mới thật sự (sản phẩm mới, khách hàng mới, đầu tư mới) và nên hỏi cơ quan thuế trước. Giao dịch giữa hai công ty cùng chủ còn phải theo nguyên tắc giá thị trường; chuyển lợi nhuận từ công ty phải nộp thuế sang công ty đang được miễn là hướng mà quy định về giao dịch liên kết nhắm tới.
Rủi ro khi tự áp dụng sai
Ví dụ giả định: một công ty cổ phần được chuyển đổi từ công ty TNHH, kế toán mới thấy giấy chứng nhận in năm 2026 nên khai miễn thuế ba năm. Khi kiểm tra, cơ quan thuế xác định pháp nhân kế thừa từ công ty TNHH lập năm 2021, không thuộc diện thành lập mới. Toàn bộ số thuế đã khai miễn bị truy thu theo thuế suất áp dụng của Luật 67/2025/QH15, cộng tiền chậm nộp theo ngày (mức 0,03%/ngày theo quy định lâu nay; kiểm tra mức hiện hành) và phạt khai sai theo nghị định hiện hành.
Điều đáng lo nhất là lỗi này thường chỉ lộ ra vào năm thứ ba hoặc thứ tư, khi đã tích đủ ba năm miễn sai. Kiểm một lần ngay năm đầu rẻ hơn rất nhiều so với sửa ba năm một lúc.
Hồ sơ phải giữ để chứng minh
- Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu và tất cả các lần thay đổi, sắp theo thời gian.
- Bản in thông tin mã số thuế từ trang tra cứu (ngày cấp mã số thuế, trạng thái) kèm ngày tra.
- Văn bản giải trình nguồn gốc pháp nhân: không hình thành từ tổ chức lại; hoặc nếu có liên quan đến doanh nghiệp khác thì nêu rõ quan hệ và hoạt động mới thật sự.
- Hồ sơ góp vốn ban đầu, hợp đồng thuê trụ sở, hợp đồng lao động đầu tiên — bằng chứng về khởi sự thật.
- Bảng xác định tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa từng năm.
- Văn bản hỏi và văn bản trả lời của cơ quan thuế (nếu có); tờ khai quyết toán và phụ lục miễn thuế.
Tự kiểm tra ở đâu: trang tra cứu thông tin người nộp thuế để đối chiếu ngày cấp mã số thuế; cổng thông tin đăng ký doanh nghiệp để xem lịch sử thay đổi; tài khoản thuế điện tử để xem các tờ khai đã nộp; cơ quan thuế quản lý khi pháp nhân có dính dáng tới tổ chức lại.
Câu hỏi thường gặp
Đổi tên công ty có làm thời gian miễn thuế bắt đầu lại không?
Không. Đổi tên là đăng ký thay đổi, pháp nhân và mã số thuế giữ nguyên, ngày cấp giấy chứng nhận lần đầu giữ nguyên.
Người đã từng làm giám đốc công ty khác lập công ty mới có bị mất miễn thuế không?
Việc từng quản lý doanh nghiệp khác không tự động làm mất ưu đãi. Điều cần tra là hướng dẫn có loại trừ trường hợp công ty mới thực chất tiếp nối hoạt động của công ty cũ hay không, nhất là khi công ty cũ vừa giải thể hoặc tạm ngừng.
Công ty thành lập năm 2025 có được miễn không?
Phạm vi áp dụng theo thời điểm thành lập do Nghị quyết 198/2025/QH15 và văn bản hướng dẫn quy định. Doanh nghiệp lập sát mốc có hiệu lực nên đọc điều khoản thi hành và hỏi cơ quan thuế, không tự suy luận.
Doanh nghiệp nhận sáp nhập một công ty khác trong thời gian đang được miễn thì sao?
Pháp nhân nhận sáp nhập vẫn là doanh nghiệp đang được miễn, nhưng quy mô sau sáp nhập có thể vượt tiêu chí nhỏ và vừa, và thu nhập của phần hoạt động nhận về cần xem riêng. Nên hỏi cơ quan thuế trước khi hoàn tất sáp nhập.
Mua lại công ty có sẵn rồi mới biết còn nợ thuế thì ai chịu?
Với nhà nước, công ty chịu, và công ty giờ thuộc chủ mới. Việc bên bán có phải bồi hoàn cho bên mua hay không phụ thuộc hợp đồng mua bán phần vốn. Đây là lý do nên kiểm tài khoản thuế điện tử trước khi ký.
Có cần cơ quan thuế xác nhận là doanh nghiệp thành lập mới không?
Miễn thuế theo cơ chế doanh nghiệp tự xác định và khai trong quyết toán. Khi có yếu tố tổ chức lại hoặc liên quan tới doanh nghiệp khác, gửi văn bản hỏi và lưu văn bản trả lời là cách bảo vệ doanh nghiệp tốt nhất.
