Doanh nghiệp đang trong thời gian miễn thuế thu nhập doanh nghiệp ba năm theo Nghị quyết 198/2025/QH15 mà quy mô tăng vượt tiêu chí nhỏ và vừa thì chưa thể tự kết luận là mất hết phần miễn còn lại, cũng không nên mặc định là vẫn giữ nguyên. Việc phải làm là tra văn bản hướng dẫn xem điều kiện “nhỏ và vừa” được xét một lần khi bắt đầu hưởng hay xét lại theo từng năm, rồi đo đúng các chỉ số của từng năm bằng số liệu có chứng từ.
Tăng trưởng nhanh là tin tốt, nhưng với doanh nghiệp đang hưởng miễn thuế, mỗi hợp đồng lớn và mỗi đợt tuyển người đều nên được nhìn thêm một lần dưới góc thuế. Bài này đi từ câu hỏi cần tra, các chỉ số hay vượt, tới một ví dụ giả định và bộ hồ sơ để chứng minh quy mô cho từng năm.
Câu hỏi phải tra trước: tiêu chí xét một lần hay xét hằng năm
Nghị quyết 198/2025/QH15 đặt chính sách miễn thuế ba năm cho doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới. Chi tiết về cách xác định “nhỏ và vừa”, mốc tính ba năm và các trường hợp loại trừ nằm ở văn bản hướng dẫn. Trước khi làm gì khác, cần đọc để trả lời ba câu:
- Điều kiện nhỏ và vừa được xét tại thời điểm nào: năm đầu tiên hưởng, hay từng năm trong ba năm?
- Nếu xét từng năm, năm không đạt thì chỉ mất miễn của năm đó, hay chấm dứt luôn phần còn lại?
- Số liệu dùng để so là của năm đang tính thuế hay năm trước liền kề?
Câu trả lời cho ba câu này quyết định toàn bộ phần còn lại. Đừng dựa vào lời kể “chỗ kia vẫn được miễn dù đã lớn” — mỗi doanh nghiệp có mốc và số liệu khác nhau. Nếu văn bản chưa rõ với trường hợp của mình, hỏi cơ quan thuế quản lý bằng văn bản và lưu câu trả lời.
Bạn có thuộc diện không — sàng lọc nhanh
- Doanh nghiệp được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu trong khoảng thời gian áp dụng chính sách và không thuộc trường hợp loại trừ (thành lập do tổ chức lại, chuyển đổi…) theo văn bản hướng dẫn?
- Năm đầu tiên hưởng miễn, doanh nghiệp có đạt tiêu chí nhỏ và vừa theo quy định về hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa không?
- Trong các năm tiếp theo, số lao động tham gia bảo hiểm xã hội bình quân năm, tổng doanh thu và tổng nguồn vốn thay đổi thế nào so với ngưỡng của lĩnh vực mình?
- Doanh nghiệp xác định đúng lĩnh vực để chọn bộ ngưỡng chưa (nông nghiệp, công nghiệp, xây dựng khác với thương mại, dịch vụ)?
- Có ghi lại số liệu đo cho từng năm, kèm chứng từ gốc, trước khi lập tờ khai quyết toán không?
Câu 4 hay bị bỏ qua. Ngưỡng cho doanh nghiệp thương mại, dịch vụ khác ngưỡng cho sản xuất. Doanh nghiệp làm cả hai phải xác định lĩnh vực theo quy định hiện hành (thường là lĩnh vực có doanh thu cao nhất hoặc theo ngành chính), không tự chọn bộ ngưỡng có lợi.
Ba chỉ số hay vượt và cách đo cho đúng
| Chỉ số | Đo thế nào | Chỗ hay đo sai |
|---|---|---|
| Lao động tham gia bảo hiểm xã hội bình quân năm | Theo số người đóng bảo hiểm xã hội bình quân các tháng trong năm, theo cách tính của quy định hiện hành | Đếm số người có mặt cuối năm thay vì bình quân; quên người làm theo hợp đồng ngắn có đóng bảo hiểm |
| Tổng doanh thu năm | Theo tổng doanh thu trên báo cáo tài chính của năm | Chỉ tính doanh thu bán hàng, bỏ doanh thu hoạt động tài chính hoặc thu nhập khác khi quy định yêu cầu tính |
| Tổng nguồn vốn | Theo bảng cân đối kế toán của năm | Nhầm vốn điều lệ đăng ký với tổng nguồn vốn (gồm cả nợ phải trả) |
Quy định về doanh nghiệp nhỏ và vừa lâu nay dùng lao động kết hợp với một trong hai chỉ tiêu doanh thu hoặc nguồn vốn. Tức là doanh thu vượt nhưng nguồn vốn chưa vượt (hoặc ngược lại) vẫn có thể còn nằm trong nhóm, tuỳ cách quy định đang hiệu lực. Nhiều doanh nghiệp vội kết luận mình “đã lớn” chỉ vì doanh thu tăng, trong khi chưa đo đủ các chỉ số.
Ngưỡng cụ thể cho từng lĩnh vực nên tra ở văn bản quy định chi tiết về hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa đang có hiệu lực. Bài này không chép lại con số để tránh dùng nhầm mức cũ.
Ví dụ giả định: năm thứ hai ký hợp đồng lớn
Giả sử một công ty dịch vụ phần mềm thành lập năm 2025, năm đầu có mười mấy lao động, doanh thu nhỏ, rõ ràng thuộc nhóm nhỏ và vừa. Năm 2026 công ty ký hợp đồng với một khách hàng nước ngoài, tuyển thêm nhiều người, doanh thu tăng gấp nhiều lần.
- Nếu văn bản xét điều kiện một lần ở năm bắt đầu hưởng: năm 2026 có thể vẫn được miễn, miễn là không rơi vào trường hợp loại trừ khác.
- Nếu văn bản xét từng năm: công ty phải đo lại ba chỉ số của năm 2026 (hoặc năm trước liền kề, tuỳ quy định). Vượt thì năm đó có thể không được miễn, và cần xem phần năm còn lại có được hưởng tiếp khi quy mô quay lại dưới ngưỡng hay không.
Trong cả hai trường hợp, việc cần làm trước khi quyết toán năm 2026 là như nhau: lập bảng ba chỉ số cho từng năm, đính kèm báo cáo tài chính và dữ liệu bảo hiểm xã hội, ghi rõ căn cứ văn bản mình áp dụng. Nếu không đủ điều kiện, phần thu nhập năm đó tính thuế theo thuế suất của Luật 67/2025/QH15 — 15% nếu tổng doanh thu năm không quá 3 tỷ đồng, 17% nếu trên 3 tỷ đến 50 tỷ đồng, 20% nếu lớn hơn — trừ khi doanh nghiệp đủ điều kiện một ưu đãi khác.
Tăng trưởng thật khác với chia nhỏ để giữ ưu đãi
Khi thấy sắp vượt tiêu chí, một số người nghĩ tới việc lập thêm công ty mới để “chia” lao động, doanh thu, giữ cho mỗi công ty vẫn nhỏ và công ty mới lại được miễn ba năm. Cần nói rõ rủi ro:
- Văn bản hướng dẫn thường có trường hợp loại trừ đối với doanh nghiệp thành lập mới do tách, chia hoặc có liên hệ với doanh nghiệp đang hoạt động. Công ty mới chưa chắc được coi là “thành lập mới” theo nghĩa của chính sách.
- Giao dịch giữa các công ty cùng chủ là giao dịch liên kết. Chuyển hợp đồng, chuyển lợi nhuận sang công ty đang được miễn thuế là dạng cơ quan thuế chú ý đặc biệt; quản lý thuế giao dịch liên kết từ 1/7/2026 theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP.
- Nếu bị xác định là chia tách không có mục đích kinh doanh thật, cả phần miễn của công ty mới lẫn giá giao dịch giữa các bên đều có thể bị điều chỉnh.
Lập công ty mới vì lý do kinh doanh thật (sản phẩm khác, thị trường khác, đối tác góp vốn khác) là quyền của doanh nghiệp. Nhưng khi đó cần hồ sơ cho thấy lý do ấy, và giá giao dịch giữa các bên phải theo giá thị trường.
Rủi ro khi tự áp dụng sai
Rủi ro phổ biến nhất là tiếp tục khai miễn theo quán tính: năm đầu được miễn thì năm hai, năm ba cũng khai miễn mà không đo lại quy mô. Nếu văn bản yêu cầu xét hằng năm và doanh nghiệp đã vượt, số thuế của năm vượt bị truy thu cộng tiền chậm nộp tính theo ngày (mức 0,03%/ngày theo quy định lâu nay; kiểm tra mức hiện hành), có thể kèm phạt khai sai.
Rủi ro thứ hai là đo sai chỉ số: đếm lao động theo danh sách chấm công thay vì dữ liệu bảo hiểm xã hội, hoặc lấy vốn điều lệ thay tổng nguồn vốn. Khi kiểm tra, cơ quan thuế đối chiếu với dữ liệu bảo hiểm xã hội và báo cáo tài chính đã nộp, nên con số tự tính phải khớp với hai nguồn này.
Với doanh nghiệp đang gọi vốn, một khoản thuế truy thu của những năm “tưởng được miễn” sẽ xuất hiện trong báo cáo thẩm định và ảnh hưởng tới định giá. Làm rõ từ sớm rẻ hơn nhiều so với giải thích sau.
Hồ sơ phải giữ để chứng minh
- Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu (để chứng minh mốc thành lập mới).
- Bảng ba chỉ số cho từng năm trong thời gian miễn: lao động tham gia bảo hiểm xã hội bình quân, tổng doanh thu, tổng nguồn vốn; lĩnh vực xác định và căn cứ.
- Báo cáo tài chính năm đã nộp; dữ liệu đóng bảo hiểm xã hội theo tháng.
- Bản trích văn bản hướng dẫn về điều kiện miễn đang áp dụng, kèm ngày tra.
- Tờ khai quyết toán các năm và phụ lục miễn thuế; văn bản hỏi, trả lời của cơ quan thuế nếu có.
- Hồ sơ giao dịch với bên liên kết nếu có. Chứng từ kế toán lưu ít nhất 10 năm theo Luật Kế toán.
Tự kiểm tra ở đâu: tài khoản thuế điện tử để xem tờ khai quyết toán và báo cáo tài chính đã nộp; cổng dịch vụ của cơ quan bảo hiểm xã hội để lấy dữ liệu số người tham gia theo tháng; cổng hoá đơn điện tử để đối chiếu tổng doanh thu đã xuất hoá đơn. Ba nguồn này là thứ cơ quan thuế cũng sẽ dùng khi kiểm tra.
Câu hỏi thường gặp
Doanh thu vượt ngưỡng nhưng lao động vẫn ít thì còn là doanh nghiệp nhỏ và vừa không?
Tiêu chí lâu nay dùng lao động kết hợp với doanh thu hoặc nguồn vốn, nên một chỉ số vượt chưa chắc đã ra khỏi nhóm. Cần đo đủ các chỉ số theo đúng cách quy định đang hiệu lực mô tả.
Năm vượt tiêu chí có bị tính vào ba năm miễn không?
Phụ thuộc văn bản hướng dẫn: ba năm có thể được tính liên tục từ mốc bắt đầu bất kể năm nào không đủ điều kiện, hoặc cách tính khác. Doanh nghiệp không nên tự giả định năm vượt được “để dành” sang sau.
Người làm cộng tác viên không đóng bảo hiểm xã hội có tính vào số lao động không?
Chỉ tiêu lao động trong quy định về doanh nghiệp nhỏ và vừa lâu nay tính theo người tham gia bảo hiểm xã hội. Người không đóng bảo hiểm xã hội thường không tính vào chỉ tiêu này, nhưng doanh nghiệp vẫn phải khấu trừ thuế thu nhập cá nhân khi trả tiền cho họ theo quy định.
Tăng vốn điều lệ lớn có làm doanh nghiệp vượt tiêu chí không?
Chỉ tiêu là tổng nguồn vốn trên bảng cân đối kế toán, trong đó có vốn chủ sở hữu. Tăng vốn lớn làm tổng nguồn vốn tăng, nên cần tính lại trước khi quyết định thời điểm góp vốn.
Nếu đã khai miễn năm vượt tiêu chí thì sửa thế nào?
Tính lại thuế theo thuế suất áp dụng, khai bổ sung tờ khai quyết toán năm đó và nộp phần chênh lệch cùng tiền chậm nộp. Tự khai bổ sung trước khi có quyết định kiểm tra thường được xử lý nhẹ hơn.
Doanh nghiệp siêu nhỏ lên nhỏ, nhỏ lên vừa có ảnh hưởng không?
Chính sách miễn thuế ba năm áp cho doanh nghiệp nhỏ và vừa nói chung, nên chuyển từ siêu nhỏ lên nhỏ hoặc lên vừa thường vẫn nằm trong nhóm. Chỉ khi vượt khỏi mức vừa mới cần xem lại điều kiện.
