Công ty khởi nghiệp nhận vốn từ quỹ đầu tư sau khi thành lập không vì thế mà mất tư cách “thành lập mới”: ngày cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu không đổi khi có cổ đông mới. Điều cần kiểm là quy mô sau khi nhận vốn còn trong tiêu chí nhỏ và vừa không, và văn bản hướng dẫn chính sách miễn thuế có loại trừ trường hợp nào liên quan đến chủ sở hữu hay không. Với công ty con do doanh nghiệp khác lập, câu hỏi khó hơn: tiêu chí quy mô xét riêng pháp nhân hay xét cả nhóm, và công ty có bị coi là thành lập từ việc tách mảng kinh doanh của công ty mẹ không.
Nghị quyết 198/2025/QH15 đặt chính sách miễn thuế thu nhập doanh nghiệp ba năm cho doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới. Các điều kiện chi tiết và trường hợp loại trừ phải đọc ở văn bản hướng dẫn đang hiệu lực. Bài này giúp nhà sáng lập và kế toán liệt kê đúng câu hỏi trước khi khai miễn.
Ba tình huống có bên góp vốn thường gặp
| Tình huống | Điểm cần kiểm | Mức rủi ro thường gặp |
|---|---|---|
| Nhà sáng lập cá nhân lập công ty, sau đó quỹ đầu tư góp vốn | Quy mô sau khi nhận vốn (tổng nguồn vốn); có thay đổi loại hình doanh nghiệp không | Thấp nếu chỉ tăng vốn, không tổ chức lại |
| Doanh nghiệp lớn lập công ty con làm mảng hoàn toàn mới | Có trường hợp loại trừ nào gắn với chủ sở hữu là doanh nghiệp không; quy mô xét riêng hay theo nhóm | Trung bình, phụ thuộc văn bản |
| Doanh nghiệp đang hoạt động chuyển mảng kinh doanh, hợp đồng, nhân sự sang công ty con mới | Có bị coi là tách doanh nghiệp, tổ chức lại không; giao dịch liên kết | Cao |
Tình huống thứ ba gần với việc tách một phần doanh nghiệp đang có thành công ty riêng. Bài công ty lập sau khi tách, sáp nhập hay đổi chủ phân tích kỹ trường hợp này. Bài dưới đây tập trung vào hai tình huống đầu.
Bạn có thuộc diện không — sàng lọc nhanh
- Ngày cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu có nằm trong khoảng thời gian áp dụng chính sách không?
- Công ty có được lập bằng cách chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình từ doanh nghiệp khác không?
- Văn bản hướng dẫn có loại trừ trường hợp nào liên quan đến chủ sở hữu, thành viên góp vốn, người quản lý (ví dụ từng là chủ doanh nghiệp đang hoạt động hoặc đã giải thể gần đây) không, và công ty có rơi vào đó không?
- Sau khi nhận vốn, công ty còn đạt tiêu chí nhỏ và vừa theo lao động tham gia bảo hiểm xã hội bình quân, tổng doanh thu, tổng nguồn vốn không?
- Tiêu chí quy mô xét cho riêng pháp nhân hay phải tính gộp với doanh nghiệp mẹ, theo quy định đang hiệu lực?
- Công ty có giao dịch với cổ đông là doanh nghiệp, công ty mẹ, công ty cùng nhóm không; giá giao dịch có theo giá thị trường không?
Câu 2 và 3 là câu loại trừ: một câu “có” là phải dừng lại đọc kỹ văn bản. Câu 4 và 5 quyết định công ty có thuộc nhóm hưởng không. Câu 6 không phải điều kiện để được miễn nhưng là chỗ rủi ro lớn nhất trong thời gian miễn.
Nhận vốn quỹ: tăng tổng nguồn vốn là chỗ cần tính trước
Một vòng gọi vốn lớn làm vốn chủ sở hữu tăng đột ngột, kéo theo tổng nguồn vốn trên bảng cân đối kế toán. Doanh thu và lao động của công ty khởi nghiệp thường còn nhỏ, nên tiêu chí lao động và doanh thu vẫn đạt. Nhưng nếu quy định xét tổng nguồn vốn thay cho doanh thu trong một số trường hợp, hoặc doanh nghiệp tự xác định theo chỉ tiêu nguồn vốn, con số sau vòng gọi vốn có thể vượt ngưỡng.
Việc nên làm trước khi ký điều khoản đầu tư:
- Tính thử bảng cân đối kế toán cuối năm sau khi nhận vốn, so với ngưỡng của lĩnh vực mình.
- Xem quy định hiện hành dùng chỉ tiêu doanh thu hay nguồn vốn, và có cho doanh nghiệp đáp ứng một trong hai là đủ không.
- Nếu vượt, ước tính số thuế phải nộp trong những năm lẽ ra được miễn, đưa vào kế hoạch tài chính trình nhà đầu tư.
Với phần lớn công ty khởi nghiệp, những năm đầu thường lỗ nên miễn thuế thu nhập doanh nghiệp chưa có nhiều giá trị. Tuy vậy, điều khoản cam đoan về thuế trong hợp đồng đầu tư thường yêu cầu nhà sáng lập xác nhận công ty đã khai đúng — nên vẫn cần làm rõ.
Công ty con của doanh nghiệp khác: ba câu hỏi riêng
Khi doanh nghiệp lớn lập công ty con làm mảng mới, pháp nhân mới có ngày thành lập mới, nhưng chính sách hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa hướng tới doanh nghiệp độc lập, khởi đầu từ quy mô nhỏ. Cần trả lời:
- Có trường hợp loại trừ nào gắn với chủ sở hữu là doanh nghiệp không? Đọc kỹ phần đối tượng không áp dụng trong văn bản hướng dẫn.
- Quy mô xét riêng hay theo nhóm? Pháp luật về hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa có quy định riêng về việc xác định quy mô; cần xem có yêu cầu tính gộp với doanh nghiệp có quan hệ sở hữu không.
- Tài sản, hợp đồng, nhân sự từ đâu mà có? Nếu công ty con nhận lại khách hàng, hợp đồng, đội ngũ của công ty mẹ, cơ quan thuế có thể xem đây là tách mảng kinh doanh chứ không phải khởi sự mới.
Công ty con làm một mảng thật sự mới, tự tuyển người, tự tìm khách, có kế hoạch kinh doanh riêng thì có cơ sở tốt hơn nhiều so với công ty con chỉ là cái vỏ nhận lại hợp đồng cũ.
Rủi ro lớn nhất trong thời gian miễn: giao dịch với bên liên kết
Công ty đang được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp và công ty mẹ đang chịu thuế là cặp giao dịch mà cơ quan thuế luôn nhìn kỹ. Những kiểu giao dịch dễ bị điều chỉnh:
- Công ty mẹ bán hàng, cung cấp dịch vụ cho công ty con với giá thấp, công ty con bán ra giá thị trường — lợi nhuận dồn vào công ty được miễn.
- Công ty con thu phí dịch vụ, phí quản lý, phí sử dụng thương hiệu cao bất thường từ công ty mẹ.
- Chuyển khách hàng lớn của công ty mẹ sang công ty con mà không có thoả thuận, giá chuyển nhượng.
Từ 1/7/2026, quản lý thuế đối với giao dịch liên kết theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP. Nguyên tắc chung là giá giao dịch giữa các bên liên kết phải như giữa các bên độc lập. Nếu không chứng minh được, cơ quan thuế có thể ấn định lại giá, và phần lợi nhuận bị chuyển về công ty mẹ để tính thuế. Công ty con vẫn phải kê khai thông tin giao dịch liên kết theo quy định, kể cả khi đang được miễn thuế.
Rủi ro khi tự áp dụng sai
Ví dụ giả định: một công ty phân phối lập công ty con, chuyển toàn bộ mảng bán hàng trực tuyến gồm đội ngũ, kho, khách hàng sang, rồi khai miễn thuế ba năm cho công ty con. Khi kiểm tra, cơ quan thuế xác định công ty con hình thành từ việc tách mảng kinh doanh đang hoạt động, không thuộc diện thành lập mới theo nghĩa của chính sách. Số thuế của các năm đã khai miễn bị truy thu, cộng tiền chậm nộp tính theo ngày (mức 0,03%/ngày theo quy định lâu nay; kiểm tra mức hiện hành), và giá hàng bán giữa hai công ty có thể bị điều chỉnh theo giá thị trường.
Với công ty khởi nghiệp độc lập, rủi ro chủ yếu là đo sai quy mô sau vòng gọi vốn. Rủi ro này nhỏ hơn nhưng vẫn cần ghi lại cách đo cho từng năm.
Hồ sơ phải giữ để chứng minh
- Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu và các lần thay đổi; sổ đăng ký cổ đông, thành viên.
- Hợp đồng đầu tư, biên bản góp vốn, chứng từ nhận tiền góp vốn qua ngân hàng.
- Bảng xác định quy mô doanh nghiệp nhỏ và vừa cho từng năm, ghi rõ có tính gộp với bên liên quan hay không và căn cứ.
- Kế hoạch kinh doanh ban đầu, hồ sơ tuyển dụng, hợp đồng với khách hàng đầu tiên (chứng minh khởi sự thật, không nhận lại từ công ty mẹ).
- Hồ sơ giao dịch liên kết: hợp đồng, bảng so sánh giá với bên độc lập, phụ lục thông tin giao dịch liên kết kèm tờ khai quyết toán.
- Tờ khai quyết toán các năm và phụ lục miễn thuế. Chứng từ kế toán lưu ít nhất 10 năm theo Luật Kế toán.
Tự kiểm tra ở đâu: cổng thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp để xác nhận ngày đăng ký lần đầu và lịch sử thay đổi; tài khoản thuế điện tử để xem phụ lục miễn thuế và phụ lục giao dịch liên kết đã nộp; cơ quan thuế quản lý để hỏi bằng văn bản khi công ty có chủ sở hữu là doanh nghiệp.
Câu hỏi thường gặp
Đổi từ công ty trách nhiệm hữu hạn sang công ty cổ phần để nhận vốn quỹ có mất miễn thuế không?
Chuyển đổi loại hình là một hình thức tổ chức lại. Việc công ty sau chuyển đổi được hưởng tiếp phần thời gian miễn còn lại hay không phụ thuộc văn bản hướng dẫn; thời điểm tính ba năm thường vẫn theo ngày đăng ký lần đầu, không bắt đầu lại.
Quỹ đầu tư nước ngoài góp vốn thì công ty có còn là doanh nghiệp trong nước để hưởng không?
Chính sách miễn thuế ba năm xét theo tiêu chí nhỏ và vừa và thành lập mới, không chỉ theo quốc tịch cổ đông. Tuy nhiên có vốn nước ngoài có thể kéo theo thủ tục đầu tư khác; cần kiểm cả văn bản hướng dẫn về đối tượng áp dụng.
Công ty đang lỗ thì có cần quan tâm tới miễn thuế không?
Có, vì ba năm miễn thường tính liên tục từ mốc quy định, kể cả năm lỗ. Nếu công ty có lãi trong năm thứ hai hoặc thứ ba, khoản miễn có giá trị thật; cần chắc chắn đã đủ điều kiện từ đầu.
Nhà sáng lập từng có công ty cũ đã giải thể thì công ty mới có được miễn không?
Một số chính sách hỗ trợ có điều kiện về chủ sở hữu hoặc người quản lý để tránh việc đóng công ty cũ, mở công ty mới để hưởng lại ưu đãi. Cần đọc phần đối tượng không áp dụng trong văn bản hướng dẫn hiện hành.
Công ty con có được dùng chung văn phòng, nhân sự với công ty mẹ không?
Được, nhưng chi phí dùng chung phải được phân bổ và thanh toán theo thoả thuận, giá hợp lý. Dùng chung mà không tính phí là dấu hiệu công ty con đang được nuôi bằng chi phí của công ty mẹ, dễ bị điều chỉnh.
Được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp thì có phải nộp tờ khai quyết toán không?
Có. Miễn thuế không miễn nghĩa vụ kê khai. Công ty vẫn nộp tờ khai quyết toán, phụ lục miễn thuế, báo cáo tài chính và phụ lục giao dịch liên kết nếu có.
