Doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới: miễn thuế TNDN ba năm theo Nghị quyết 198

Nghị quyết 198/2025/QH15 của Quốc hội về một số cơ chế đặc biệt phát triển kinh tế tư nhân cho doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 3 năm. Đây là ưu đãi có thật và đáng kể với công ty mới. Nhưng “miễn thuế” ở đây là miễn số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp, không phải miễn mọi nghĩa vụ: doanh nghiệp vẫn phải kê khai, quyết toán, lập hoá đơn, khấu trừ thuế thu nhập cá nhân cho người lao động và nộp thuế giá trị gia tăng.

Để hưởng đúng, doanh nghiệp phải trả lời chắc ba câu: mình có phải doanh nghiệp nhỏ và vừa theo tiêu chí hiện hành không, mình có phải “thành lập mới” theo đúng nghĩa của quy định không, và ba năm được tính từ mốc nào. Cách xác định chi tiết nằm ở văn bản hướng dẫn nghị quyết — bài này đi qua từng câu để biết cần tra gì.

Bạn có thuộc diện không — sàng lọc nhanh

1. Doanh nghiệp có đáp ứng tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa (siêu nhỏ, nhỏ hoặc vừa) theo quy định hiện hành về số lao động tham gia bảo hiểm xã hội và doanh thu hoặc nguồn vốn, tính theo lĩnh vực hoạt động không?
2. Doanh nghiệp có được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu trong khoảng thời gian mà nghị quyết và hướng dẫn cho phép áp dụng không?
3. Doanh nghiệp có phải là pháp nhân mới thật sự, không phải hình thành từ chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình hay đổi chủ của một doanh nghiệp đang hoạt động — những trường hợp mà quy định có thể loại trừ?
4. Doanh nghiệp có đang hưởng một ưu đãi khác cho cùng khoản thu nhập (ngành, địa bàn) mà cần chọn diện có lợi hơn không?
5. Sổ sách có đủ để xác định thu nhập chịu thuế mỗi năm, kể cả năm được miễn không?

Ba câu đầu là điều kiện cùng lúc. Chỉ cần một câu “không” hoặc “chưa chắc” là nên dừng lại tra hướng dẫn và hỏi cơ quan thuế trước khi khai miễn.

Tiêu chí “nhỏ và vừa” đo bằng gì

Tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa do nghị định hướng dẫn Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa quy định, dựa trên hai nhóm chỉ số:

• Số lao động tham gia bảo hiểm xã hội bình quân năm. Người làm cộng tác, không đóng bảo hiểm thì thường không tính.
• Tổng doanh thu năm hoặc tổng nguồn vốn, chỉ cần đáp ứng một trong hai theo cách quy định.

Ngưỡng khác nhau giữa nhóm nông, lâm, thuỷ sản và công nghiệp, xây dựng với nhóm thương mại, dịch vụ. Doanh nghiệp làm nhiều lĩnh vực thì xác định theo lĩnh vực có doanh thu cao nhất hoặc cách quy định trong nghị định. Con số cụ thể nên tra văn bản đang hiệu lực, không dùng bảng chép từ bài viết cũ.

Một lỗi đếm lao động hay gặp: tính cả giám đốc không hưởng lương, cộng tác viên, người thử việc chưa đóng bảo hiểm, hoặc ngược lại quên người đã đóng bảo hiểm nhưng nghỉ giữa năm. Lấy số liệu từ chính dữ liệu đóng bảo hiểm của doanh nghiệp, tính bình quân theo cách nghị định quy định, và lưu bảng tính đó cùng hồ sơ quyết toán.

Chỗ hay bị bỏ qua: tiêu chí này có thể thay đổi theo năm. Doanh nghiệp tăng trưởng nhanh, vượt ngưỡng vừa ngay năm thứ hai, cần xem hướng dẫn cho biết khi đó có còn được miễn năm tiếp theo không.

“Thành lập mới” và mốc tính ba năm

Hai câu hỏi hay gây tranh luận nhất:

1. Ai được coi là thành lập mới. Nguyên tắc phổ biến trong luật thuế là pháp nhân hình thành do tổ chức lại (chia, tách, sáp nhập, hợp nhất), chuyển đổi loại hình hoặc thay đổi chủ sở hữu thường không được coi là thành lập mới để hưởng ưu đãi dành cho doanh nghiệp mới. Nếu công ty ra đời từ một công ty khác, hãy tra kỹ hướng dẫn trước khi khai.
2. Ba năm tính từ đâu. Nghị quyết gắn thời gian miễn với việc được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Cách tính cụ thể — theo năm dương lịch hay theo mười hai tháng liên tục, năm đầu hoạt động không đủ mười hai tháng xử lý ra sao — phải theo văn bản hướng dẫn.

Lập một bảng nhỏ ngay từ năm đầu: ngày cấp giấy chứng nhận, năm tính thuế thứ nhất, thứ hai, thứ ba, năm bắt đầu nộp thuế trở lại. Bảng này đi kèm hồ sơ quyết toán từng năm để người kế nhiệm không phải đoán.

Được miễn nhưng vẫn phải làm những gì

Có một lý do nữa để giữ sổ sạch trong ba năm miễn: nếu năm được miễn bị lỗ, cách xử lý lỗ và việc chuyển lỗ sang năm sau vẫn phải theo quy định. Sổ lộn xộn trong ba năm đầu thì năm thứ tư — năm bắt đầu nộp thuế — sẽ khó xác định đúng số.

Rủi ro khi tự áp dụng sai

Ví dụ giả định: một công ty được thành lập để tiếp nhận toàn bộ hoạt động của công ty cũ cùng chủ, cùng khách hàng, cùng nhân viên, rồi tự khai miễn thuế ba năm như doanh nghiệp mới. Khi kiểm tra, nếu cơ quan thuế xác định đây là trường hợp không được coi là thành lập mới, toàn bộ số thuế đã khai miễn bị truy thu, cộng tiền chậm nộp theo ngày (mức 0,03%/ngày theo quy định lâu nay; kiểm tra mức hiện hành) và phạt khai sai theo nghị định hiện hành.

Rủi ro thứ hai là vượt tiêu chí nhỏ và vừa mà không nhận ra. Doanh nghiệp tuyển thêm người, doanh thu tăng, nhưng kế toán vẫn khai miễn theo thói quen. Nên kiểm lại tiêu chí mỗi lần quyết toán, không chỉ một lần khi thành lập.

Hồ sơ phải giữ để chứng minh

• Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu và các lần thay đổi.
• Bảng xác định tiêu chí nhỏ và vừa từng năm: số lao động tham gia bảo hiểm bình quân (kèm dữ liệu từ cơ quan bảo hiểm), doanh thu năm, tổng nguồn vốn.
• Văn bản giải trình nguồn gốc pháp nhân nếu có liên quan đến doanh nghiệp khác (cùng chủ, cùng địa chỉ, cùng ngành).
• Bảng tính thời gian miễn: năm thứ nhất, thứ hai, thứ ba.
• Tờ khai quyết toán và phụ lục miễn giảm từng năm.
• Toàn bộ chứng từ kế toán, lưu ít nhất 10 năm theo Luật Kế toán.

Tự kiểm tra ở đâu: tài khoản thuế điện tử của doanh nghiệp (tờ khai đã nộp, thông báo nhận được), trang tra cứu thông tin người nộp thuế (ngày cấp mã số thuế, trạng thái), cổng hoá đơn điện tử (doanh thu thực tế từng năm để đối chiếu tiêu chí), và cơ quan thuế quản lý nếu doanh nghiệp có nguồn gốc từ tổ chức lại.