Một công ty khởi nghiệp làm ứng dụng hay nền tảng số có thể rơi vào ba khả năng về thuế thu nhập doanh nghiệp: có phần thu nhập hưởng ưu đãi theo ngành (khi hoạt động thật sự là sản xuất sản phẩm phần mềm hoặc ngành khác trong danh mục ưu đãi), chỉ được miễn thuế theo quy mô vì là doanh nghiệp nhỏ và vừa mới thành lập, hoặc không thuộc diện ưu đãi nào và nộp theo thuế suất áp dụng cho quy mô doanh thu của mình. Nhiều công ty ở cả ba chỗ cùng lúc, cho những dòng thu nhập khác nhau.
Cái sai hay gặp nhất là lấy tên gọi “công ty công nghệ” để suy ra ưu đãi ngành. Ưu đãi đi theo hoạt động tạo ra thu nhập, không theo cách công ty tự giới thiệu. Bài này đưa ra câu hỏi sàng lọc, bảng so sánh ba khả năng và bộ giấy tờ nên giữ ngay từ năm đầu — không thay cho việc đọc văn bản đang hiệu lực.
Ba khả năng và điều kiện cần kiểm của từng khả năng
| Khả năng | Điều kiện cần kiểm | Nếu thiếu điều kiện |
|---|---|---|
| Ưu đãi theo ngành (thuế suất ưu đãi, miễn, giảm có thời hạn cho thu nhập từ ngành trong danh mục) | Hoạt động tạo thu nhập nằm trong danh mục ngành ưu đãi của Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15 và nghị định hướng dẫn; sản phẩm đáp ứng tiêu chí của ngành đó; hạch toán riêng được thu nhập | Phần thu nhập không đạt tiêu chí quay về thuế suất thông thường |
| Miễn thuế theo quy mô (doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới) | Là doanh nghiệp nhỏ và vừa theo tiêu chí hiện hành; thành lập mới theo đúng nghĩa của Nghị quyết 198/2025/QH15 và văn bản hướng dẫn; còn trong thời gian được miễn | Không được miễn; nộp theo thuế suất theo quy mô |
| Không thuộc diện | Không đạt cả hai điều kiện trên, hoặc đã hết thời gian ưu đãi, miễn | Thuế suất 15% nếu tổng doanh thu năm không quá 3 tỷ đồng, 17% nếu trên 3 tỷ đến 50 tỷ đồng, 20% cho phần còn lại |
Ngay cả dòng cuối cùng cũng không phải tin xấu: mức 15% và 17% theo quy mô doanh thu áp dụng từ kỳ tính thuế 2025 đã thấp hơn thuế suất phổ thông. Nhưng đó là thuế suất theo quy mô, không phải ưu đãi — không cần hồ sơ đăng ký ưu đãi, chỉ cần doanh thu năm đúng.
Sàng lọc nhanh: sản phẩm của công ty thật ra là gì
Trả lời lần lượt từng câu, ghi câu trả lời ra giấy, đừng trả lời trong đầu:
- Khách hàng trả tiền để mua quyền dùng một sản phẩm phần mềm do công ty làm ra (bản quyền, thuê bao phần mềm), hay trả tiền cho một dịch vụ mà phần mềm chỉ là công cụ (giao hàng, đặt phòng, kết nối người mua người bán)?
- Thu nhập chính đến từ phí sử dụng phần mềm, từ hoa hồng trên giao dịch, hay từ quảng cáo hiển thị trên ứng dụng?
- Công ty tự thiết kế, lập trình, kiểm thử sản phẩm, hay mua lại hoặc thuê ngoài gần hết phần lõi?
- Công ty có nhận làm phần mềm theo đơn đặt hàng của khách không, và phần đó chiếm bao nhiêu trong doanh thu?
- Công ty có thành lập mới trong khoảng thời gian áp dụng chính sách miễn thuế cho doanh nghiệp nhỏ và vừa, và có phải là doanh nghiệp tách ra, đổi tên từ doanh nghiệp cũ không?
Câu 1 đến 4 quyết định có phần thu nhập nào gần với ngành sản xuất phần mềm hay không. Câu 5 quyết định khả năng miễn theo quy mô. Hai nhóm câu hỏi độc lập với nhau: công ty có thể không thuộc ngành ưu đãi nhưng vẫn được miễn theo quy mô, và ngược lại.
Ứng dụng, nền tảng, quảng cáo: dòng thu nhập nào gần ngành ưu đãi
Không có câu trả lời chung cho “nền tảng số”. Dưới đây là cách thường được nhìn nhận khi tách từng dòng thu nhập — mỗi dòng vẫn phải đối chiếu tiêu chí cụ thể của văn bản hiện hành:
- Bán bản quyền hoặc thuê bao phần mềm do công ty tự làm (phần mềm quản lý bán hàng, kế toán, học trực tuyến bán theo gói): đây là dòng gần nhất với sản xuất sản phẩm phần mềm. Vẫn cần chứng minh quy trình sản xuất phần mềm theo tiêu chí quy định.
- Làm phần mềm theo đơn đặt hàng: thường được xem xét là sản xuất phần mềm nếu công ty thực hiện các công đoạn chính, nhưng hồ sơ phải thể hiện được sản phẩm giao cho khách, không chỉ là “giờ công lập trình”.
- Hoa hồng trên giao dịch của sàn kết nối người mua, người bán, tài xế, chủ nhà: bản chất là dịch vụ trung gian. Việc dùng phần mềm để cung cấp dịch vụ không biến thu nhập đó thành thu nhập sản xuất phần mềm.
- Quảng cáo bán trên ứng dụng: thu nhập dịch vụ quảng cáo, thường không thuộc ngành sản xuất phần mềm.
- Bán hàng hoá qua ứng dụng của chính mình: thu nhập thương mại, tính như bán hàng thông thường.
Một ứng dụng giao đồ ăn, một sàn cho thuê phòng hay một trang tin có quảng cáo đều “làm phần mềm” mỗi ngày, nhưng thu nhập của họ đến từ dịch vụ. Đó là lý do nhiều công ty nền tảng tự áp ưu đãi ngành phần mềm rồi bị loại khi kiểm tra.
Khi một công ty có cả ba loại thu nhập
Giả sử một công ty thành lập năm 2026, vừa bán gói phần mềm quản lý cho các cửa hàng (tự lập trình), vừa thu hoa hồng khi cửa hàng nhận đơn qua nền tảng của công ty, vừa bán chỗ quảng cáo trên ứng dụng. Cách sắp xếp hợp lý là:
- Tách doanh thu, chi phí theo ba dòng ngay trên sổ kế toán, không đợi cuối năm mới chia tỷ lệ.
- Xem dòng phần mềm có đạt tiêu chí sản xuất phần mềm để hưởng ưu đãi ngành không.
- Xem cả công ty có đạt điều kiện miễn thuế theo quy mô không. Nếu đạt, cần đọc văn bản hướng dẫn để biết cách áp dụng khi một phần thu nhập đồng thời đủ điều kiện ưu đãi ngành — thường doanh nghiệp phải chọn một diện cho cùng một khoản thu nhập, không cộng dồn.
- Phần không thuộc diện nào tính theo thuế suất theo quy mô doanh thu.
Chi phí dùng chung (lương đội kỹ thuật làm cả phần mềm lẫn nền tảng, thuê văn phòng, máy chủ) phải phân bổ theo một tiêu thức hợp lý và giữ nguyên qua các năm. Đổi tiêu thức mỗi năm để dồn chi phí sang dòng không ưu đãi là dấu hiệu cơ quan thuế sẽ hỏi. Cách chọn diện có lợi khi một khoản thu nhập đủ nhiều điều kiện được bàn riêng trong bài một khoản thu nhập đủ điều kiện nhiều ưu đãi.
Miễn theo quy mô: những chỗ khởi nghiệp công nghệ hay vấp
Nghị quyết 198/2025/QH15 miễn thuế thu nhập doanh nghiệp ba năm cho doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới. Với công ty công nghệ, ba chỗ cần kiểm kỹ:
- Tiêu chí nhỏ và vừa xét theo lao động, doanh thu hoặc nguồn vốn theo quy định hiện hành. Công ty gọi vốn lớn ngay năm đầu cần xem tiêu chí nguồn vốn có làm mất tư cách nhỏ và vừa không.
- Thành lập mới phải đúng nghĩa. Nhóm sáng lập tách một bộ phận từ công ty cũ sang pháp nhân mới, hoặc đổi tên doanh nghiệp đang có, thường không được coi là thành lập mới.
- Công ty con của tập đoàn nước ngoài, hoặc công ty do quỹ nắm phần lớn vốn, có thể có điều kiện riêng. Phần này đã được phân tích ở bài về khởi nghiệp nhận vốn quỹ trong danh mục doanh nghiệp nhỏ, khởi nghiệp.
Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp không miễn các nghĩa vụ khác: công ty vẫn khai thuế giá trị gia tăng, khấu trừ thuế thu nhập cá nhân của nhân viên và người cộng tác, nộp báo cáo tài chính và quyết toán đúng hạn.
Rủi ro khi tự áp ưu đãi ngành cho thu nhập dịch vụ
Ưu đãi thuế do doanh nghiệp tự xác định và tự khai. Khi kiểm tra, nếu cơ quan thuế xác định một dòng thu nhập không thuộc ngành ưu đãi, hệ quả thường là:
- Truy thu phần chênh lệch giữa thuế suất đã áp và thuế suất đúng cho mọi năm đã áp sai.
- Tiền chậm nộp tính theo ngày trên số thuế truy thu (mức 0,03%/ngày theo quy định lâu nay; kiểm tra mức hiện hành).
- Xử phạt về khai sai theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP và văn bản sửa đổi, bổ sung.
Với công ty khởi nghiệp đang gọi vốn, khoản truy thu kiểu này còn ảnh hưởng tới định giá, vì nhà đầu tư sẽ trừ rủi ro thuế ra khỏi giá. Nếu chưa chắc một dòng thu nhập có thuộc ngành ưu đãi không, gửi văn bản hỏi cơ quan thuế quản lý kèm mô tả mô hình kinh doanh và vài hợp đồng mẫu, rồi lưu văn bản trả lời.
Hồ sơ phải giữ để chứng minh
- Mô tả sản phẩm và quy trình làm ra sản phẩm phần mềm: tài liệu yêu cầu, thiết kế, kế hoạch kiểm thử, nhật ký phát hành phiên bản.
- Hợp đồng với khách theo từng dòng thu nhập: bán bản quyền, thuê bao, gia công theo đơn, hoa hồng, quảng cáo.
- Sổ chi tiết doanh thu, chi phí tách theo dòng; bảng phân bổ chi phí dùng chung và tiêu thức phân bổ.
- Hồ sơ chứng minh tiêu chí nhỏ và vừa và ngày thành lập: giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, bảng lao động tham gia bảo hiểm xã hội, báo cáo tài chính.
- Văn bản hỏi, trả lời của cơ quan thuế nếu có.
Tự kiểm tra ở đâu: ngành nghề kinh doanh và ngày thành lập tra trên trang tra cứu thông tin người nộp thuế và cổng đăng ký doanh nghiệp; tờ khai quyết toán đã nộp, phụ lục ưu đãi đã kê và thông báo của cơ quan thuế xem trong tài khoản thuế điện tử của doanh nghiệp. Danh mục ngành ưu đãi và tiêu chí sản xuất phần mềm cần đọc ở Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15 cùng nghị định, thông tư hướng dẫn đang có hiệu lực.
Câu hỏi thường gặp
Đăng ký mã ngành “lập trình máy vi tính” có đủ để hưởng ưu đãi ngành phần mềm không?
Không. Mã ngành đăng ký chỉ cho phép công ty hoạt động trong lĩnh vực đó. Ưu đãi xét theo hoạt động thật tạo ra thu nhập và tiêu chí của sản phẩm, được chứng minh bằng hợp đồng, sản phẩm và sổ sách.
Công ty chưa có lãi thì có cần quan tâm ưu đãi không?
Có. Thời gian ưu đãi thường tính theo mốc do văn bản quy định, không phải từ năm có lãi trong mọi trường hợp. Tách sổ theo dòng thu nhập từ đầu giúp những năm có lãi sau này áp dụng đúng mà không phải dựng lại số liệu.
Bán phần mềm cho khách nước ngoài có khác gì bán trong nước?
Về ưu đãi ngành, điều quan trọng vẫn là hoạt động tạo ra sản phẩm. Khác biệt nằm ở thuế giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng, cần xem quy định về hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu hiện hành.
Thuê đội lập trình tự do bên ngoài làm phần lớn sản phẩm thì sao?
Nếu phần lõi sản phẩm do bên ngoài làm, cơ quan thuế có thể xem công ty chỉ đứng tên bán lại. Nên giữ hồ sơ cho thấy công ty tự thiết kế, quản lý, kiểm thử và chịu trách nhiệm về sản phẩm; khoản trả cho người lập trình tự do cũng phải khấu trừ thuế thu nhập cá nhân đúng quy định.
Hết ba năm miễn theo quy mô thì công ty nộp thuế thế nào?
Từ năm kế tiếp, công ty áp dụng thuế suất theo quy mô doanh thu năm hoặc ưu đãi ngành nếu có phần thu nhập đủ điều kiện và còn thời gian hưởng. Nên lập sẵn bảng thời gian cho từng diện để không bị hụt khi chuyển năm.
Có nên đăng ký là doanh nghiệp khoa học và công nghệ để được ưu đãi chắc hơn?
Đó là một diện khác với điều kiện riêng về kết quả khoa học và công nghệ, tỷ lệ doanh thu từ sản phẩm đó. Chỉ nên theo đuổi khi sản phẩm thật sự đáp ứng; giấy chứng nhận không tự trao ưu đãi nếu các năm sau không giữ được điều kiện.
